Η λιμνοθάλασσα του Αιτωλικού βρίσκεται γύρω από το ομώνυμο νησάκι και την πόλη, αποτελώντας προέκταση της λιμνοθάλασσας Μεσολογγίου. Σχηματίστηκε από σεισμική έκρηξη και γι' αυτό έχει μεγάλο βάθος, που φτάνει τα 28 μέτρα, αλλά και γλυκά νερά. Για το λόγο αυτό βγάζει ψάρια μεγαλύτερα από αυτά της γειτονικής λιμνοθάλασσας του Μεσολογγίου. Είναι μεγάλος και σημαντικός υγροβιότοπος.